实验室与国内一流高校和科研机构建有良好合作关系。继续加强与北京大学“蛋白质工程与植物基因工程”、中国科学院遗传与发育研究所“植物基因组学”、中国农业大学“植物生理学与生物化学”、华中农业大学“作物遗传改良”、南京农业大学“作物遗传与种质创新”、中国农业科学院棉花研究所“棉花生物学”等国家重点实验室共同承担国家级重大科研项目和联合培养研究生，并建成作物遗传改良国家重点实验室河北基地、棉花生物学国家重点实验室河北基地。今后实验室继续拓展与清华大学和中国科学院等知名学术机构的合作，力争将本实验室建成国内一流、合作开放、资源共享的科研创新平台。